Im Juni 2006 bezog die Eawag ihr neues Hauptgebäude auf dem Gelände des ETH-Bereichs in Dübendorf. Das Verwaltungs- und Forschungsgebäude, in dem auch die gemeinsame Eawag-Empa-Bibliothek, Schulungsräume und das Personalrestaurant aQa untergebracht sind, setzt neue Massstäbe in der nachhaltigen Entwicklung. Die baulichen und technischen Massnahmen tasten sich an die Grenzen des zur Zeit der Planung Machbaren heran. Beispielsweise verbraucht das Haus, das in den Bürozonen ohne herkömmliche Heizung und Kühlung auskommt, viermal weniger Energie als ein konventionelles Gebäude. Und mit dem Einbau eines ausgeklügelten Sanitärsystems – Urin trennende NoMix WCs, Spülung mit Regenwasser – werden neueste Forschungsergebnisse der Eawag in die Praxis übertragen. Das Gebäude wurde schon mehrfach ausgezeichnet, unter anderem mit dem Solarpreis 2006, dem Watt d’or 2007, dem Swisspor Innovationspreis 2006, dem Velux Stiftung Tageslicht-Award. Über 2000 Besucher jährlich aus dem In- und Auslang haben das Gebäude besichtigt.

Während einer zweijährigen Betriebsoptimierungsphase wurden die Haustechniksysteme dem effektiven Verhalten des Gebäudes und der Benutzer entsprechend einreguliert und die Mängel behoben. In einem vom Bundesamt für Energie unterstützten Begleitprojekt untersuchten Eawag, Empa und 3-Plan Haustechnik AG zudem, ob die während der Planung gemachten Prognosen bezüglich Raumtemperaturen und Energieverbräuchen auch Realität sind.